柑橘潰瘍菌及其噬菌體之分子遺傳
柑橘潰瘍菌(Xanthomonas campestris pv. citri)的分子遺傳方面，我們分離到轉位子ISXc5 及 ISXc4。它們屬於Tn3-like轉位子。我們完成整個ISXc5的6,938個鹼基對定序並完成轉位酶基因(tnpA)與解結酶(tnpR)兩基因的譯讀框(ORF)及氨基酸序列分析。ISXc5 解結酶之選殖和誘發量產及其解結機轉均已完成（Liu et al., 1998; Schneider et al., 2000)。ISXc5 轉位酶之選殖及其位移機轉的研究亦陸續完成。ISXc5 是由一個大小約1.4Kb的小型轉位子插入ISXc4 所形成的。此小型轉位子屬於class-1轉位子，命名為ISXc513。它唯一譯讀框的轉位酶基因氨基酸序列與 IS10 轉位酶有20.7%的共同性。ISXc4 轉位酶基因下游有一譯讀框 (ORF3)，其多胜鏈的氨基酸序列與大腸桿菌的 yecA 有28%的共同性，與蛋白質的傳送有關。柑橘潰瘍菌的噬菌體研究方面，我們協助完成噬菌體 Cf 的遺傳及基因研究分析。

表面展露系統的發展
我們利用噬菌體質粒(phagemids)發展M13之pIII (A鞘蛋白)及pVIII (B鞘蛋白)選殖系統，目前技術已接近成熟。基於多年來從事大腸桿菌(E. coli)、沙門氏桿菌(Salmonella)、綠膿桿菌(Pseudomonas)及黃原桿菌 (Xanthomonas) 的研究基礎，細菌表面展露系統的發展將著重於革蘭氏陰性菌(Gram-negative)，並以大腸桿菌配合其它陰性菌為主要系統。

逆境與基因再重組
生物生活在自然界中，常會因為環境因素的不穩定而遭受到相當的壓力(stress)。這些壓力可能來自環境中之溫度、光度、酸鹼、滲透壓或鹽濃度的劇變(temperature, light, pH or salt stress)，亦或是因特殊離子或化學物質的大量出現及周遭環境中生物密度過大(ion, chemical stresses and density stress)。這些逆境因子會活化細胞內的DNA重組系統。DNA重組系統的活化可能造成基因重組而促進演化。基於模擬這種可能性，我們利用大腸桿菌系統研究其經饑餓 (starvation) 等逆境因子所引起的基因變化。

近期著作

相關資料

• Cheng, C. M., Tu, J., Yang, P. C., and Kuo, T. T. 1996. Rifampicin: an inhibitor of Xp12-specific protein phosphorylation in Xanthomonas campestris pv. oryzae. FEMS Microbiol. Lett. 143: 141-149.
  
  
• Charng, Y. C., Ma, C., Tu, J., and Kuo, T. T. 1997. A 200-bp constructed inducible PR-1a promoter fusion to the Ac transposase gene drives higher transposition of a Ds element than the native PR-1a promoter fusion drives. Plant Sci. 130: 73-86.
  
  
• Liu, C. C., Huhne, R., Tu, J., Lorbach, E., and Droge, P. 1998. The resolvase encoded by Xanthomonas campestris transposable element ISXc5 constitutes a new subfamily closely related to DNA invertases. Genes Cells 3: 221-233.
  
  
• Charng, Y. C., Pfitzner, A. J. P., Pfitzner, U. M., Charng-Chang, K. F., Chen, C. M., Tu, J., and Kuo, T. T. 2000. Construction of an inducible transposon, INAc, to develop a gene tagging system in higher plants. Mol. Breed. 6: 353-367.
  
  
• Yang, Y. C., Yang, M. K., Kuo, T. T., and Tu, J. 2001. Structural and functional characterization of the lexA gene of Xanthomonas campestris pathovar citri. Mol. Gen. Genet. 265: 316-326.
  
  
• Tsai, P.-J., Tu, J., and Chen, T.-H. 2002. Cloning of a Ca²⁺/calmodulin-dependent protein kinase gene from the filamentous fungus Arthrobotrys dactyloides. FEMS Microbiol. Lett. 212: 7-13.
  
  
  
• Charng, Y. C., Li, H., Ping., Li, K. T., Hseu, T. H., and Tu, J. 2004. Fusion of the transposase with a classical nuclear localization signal to increase the transposition efficiency of Ac transposon. Bot. Bull. Academia Sinica 45:267-274.