[陳柏仰] MethGo軟體用於分析全基因體甲基化定序

DNA甲基化是一種主要的表觀遺傳修飾,能在不改變DNA序列的前提下改變遺傳表現。一般測量DNA甲基化程度是利用亞硫酸鹽定序法(BS-SEQ)。在分析BS-SEQ的數據上,首先需要利用特殊軟體進行序列比對,之後再使用客製化的軟體進行資料分析。為了分析序列比對後的資料,我們開發一個軟體MethGo, 可以用來分析全基因體甲基化定序 (WGBS)以及 約化代表性甲基化定序(RRBS)的數據資料。此軟體中包含有9種分析工具(位於5個模組之中)。此軟體可用於描繪全基因體DNA的甲基化概況,也提供個別基因的甲基化程度。它也可以分析轉錄因子周圍的甲基化程度,並評估遺傳變異如SNP和CNV。(Liao et al., 2015, BMC Genomics)