[陳柏仰] 文獻回顧 –計算分析染色體層次結構

A.真核生物基因組從高階到初級的結構。

B.評估高階和初級染色質結構的常用計算分析策略和具體步驟。

染色體層次結構已知與多種細胞功能有關,但是其精確的機制和三維結構仍有待確定。隨著近期高通量次世代定序(NGS)技術的進步,染色體結構的全基因組譜分析已成為一重要的生物研究技術。在這篇文章,我們全面概述了如何從實驗和計算兩個方面以NGS方法分析 “高階”和“初級”染色體結構,詳細描述各方法的具體實驗要求和注意事項,並指出兩種主要染色體層次結構分析計算策略的相同及差異處,我們也統整了個別分析方法的計算步驟和工具。近期發展之以Hi-C和ATAC-seq為方法的單細胞分析技術對揭示細胞間的染色體結構變異方面有很大的潛力,因此本文也對這些方法在實驗與數據分析方面有進一步的討論。此外,我們也談論到染色體結構在生物學上的重要性以及如何與其他技術結合來揭示基礎的生物機制。最後,我們以如何改進現行方法以增進對染色質結構的理解為總結。我們的綜述匯集了高階和初級染色體結構分析的方法,並且為在選擇適當的實驗和計算方法分析染色體結構時提供指引。

本文第一作者為張珮君博士